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沢木 惣右衛門 直保（さわき そうえもん ただやす）は、一見どこにでもいる学生だが、空気中の菌が目に見え、手にに取ったり会話することもできるるという不思議な能力の持ち主。
幼なじみの結城 蛍（ゆうき けい）と共に東京の某農業大学進学のために上京してきた。
入学式の当日、菌を研究する農学部の教授であり、沢木の祖父古くからの知り合いである樹 慶蔵（いつき けいぞう)の元を訪れる。
樹は菌について語りだすと止まらない少々風変わりな教授だったが、これを機に樹研究室に出入りするようになり、「菌」と「発酵」の世界に触れながら、様々な騒動に巻き込まれていく。

第1話　「農大菌物語」
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第2話　「三億円の農大生」
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第3話　「菌でかもすぞ!」
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第4話　「あちこち菌祭り」
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第5話　「怪奇!菌オバケ」
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第6話　「悩殺！ミス農大」
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第7話　「開幕！農大春祭」
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第8話　「農大正門攻略戦」
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第9話　「柔肌にとりつけ」
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第10話　「ゴスロリキッス」
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第11話　「輝く菌未来」
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映像特典
「菌劇場　デラックス1」｜Daum｜ニコニコ｜Pandora
「菌劇場　デラックス2」｜Daum｜ニコニコ｜Pandora
「菌劇場　デラックス3」｜Daum｜ニコニコ｜Pandora
「強烈！発酵食品に挑戦」DVD特典映像」｜ニコニコ


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